リガーゼ




リガーゼ(ligase)とはEC番号6群に属する酵素であり、ATPなど高エネルギー化合物の加水分解に共役して触媒作用を発現する特徴を持つ[1][2]。英語の発音に従ってライゲースと表記される場合もある[3]。リガーゼは別名としてシンテターゼ(シンセテース[3])と呼ばれる。日本語ではリガーゼを指して合成酵素と呼ぶことがあるが、合成酵素といった場合はEC6群のシンテターゼの他にEC4群のシンターゼを含むので留意が必要である。シンテターゼはATPなどの高エネルギー化合物分解と共役しているのに対して、シンターゼ(シンセース[3])はリアーゼ(ライエース[3])の一種であり高エネルギー化合物分解の共役は不要である。[4]




目次






  • 1 概要


  • 2 シンテターゼ


  • 3 一覧


    • 3.1 EC.6.1.-(炭素-酸素結合を形成するもの)


      • 3.1.1 EC 6.1.1.- (アミノアシル-tRNAおよび関連化合物を生成するリガーゼ)


      • 3.1.2 EC 6.1.2 (酸-アルコールリガーゼ(エステルシンターゼ))




    • 3.2 EC.6.2.-(炭素-硫黄結合を形成するもの)


      • 3.2.1 EC.6.2.1.-(酸-チオールリガーゼ)




    • 3.3 EC.6.3.-(炭素-窒素結合を形成するもの)


      • 3.3.1 EC.6.3.1.-(酸-アンモニア(またはアミン)リガーゼ(アミドシンターゼ))


      • 3.3.2 EC.6.3.2.-(酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチドシンターゼ))


      • 3.3.3 EC.6.3.3.-(シクロリガーゼ)


      • 3.3.4 EC.6.3.4.-(その他の炭素-窒素リガーゼ)


      • 3.3.5 EC.6.3.5.-(グルタミンがアミド-N-供与体となる炭素-窒素リガーゼ)




    • 3.4 EC.6.4.-(炭素-炭素結合を形成するもの)


    • 3.5 EC.6.5.-(リン酸エステル結合を形成するもの)


    • 3.6 EC.6.6.-(窒素-金属結合を形成するもの)


      • 3.6.1 EC 6.6.1 (錯体を形成するもの)






  • 4 出典


  • 5 関連項目





概要


リガーゼには生合成経路上で重要な酵素が多く、代表的な酵素としては



  • 各種アミノアシルtRNAシンテターゼ - ペプチド合成系


  • アシルコエンザイムAシンテターゼ - 脂肪酸合成系

  • アスパラギンシンテターゼ、グルタミンシンテターゼ - アミノ酸合成系


などが挙げられる。


リガーゼの基質となる高エネルギー化合物はATPがほとんどであるが、GTPやNADなどもある。リガーゼはこれらの高エネルギー化合物と他の基質とがアデニル化,リン酸化,またはピロリン酸化された活性中間体を経由するとともに、加水分解により発生する自由エネルギー変化を駆動力にして触媒反応が生成側に進行する。



シンテターゼ


リガーゼの常用命名法によりシンテターゼの語尾を持つ酵素が多い。すなわち、化合物XとYとをATP加水分解に共役して結合させる酵素は系統名ではX:Yリガーゼと命名されるが、常用名ではX-Yシンテターゼと命名される[5]。例えばアシルコエンザイムAシンテターゼは脂肪酸〈アシル基〉とコエンザイムAとをATP分解のエネルギーを利用して合成する酵素である。[6]



一覧



EC.6.1.-(炭素-酸素結合を形成するもの)



EC 6.1.1.- (アミノアシル-tRNAおよび関連化合物を生成するリガーゼ)




  • EC.6.1.1.1 チロシンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.2 トリプトファンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.3 トレオニンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.4 ロイシンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.5 イソロイシンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.6 リシンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.7 アラニンtRNAリガーゼ

  • EC 6.1.1.8 欠番 削除


  • EC.6.1.1.9 バリンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.10 メチオニンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.11 セリンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.12 アスパラギン酸tRNAリガーゼ


  • EC 6.1.1.13 D-アラニン-ポリ(ホスホリビトール)リガーゼ


  • EC.6.1.1.14 グリシンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.15 プロリンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.16 システインtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.17 グルタミン酸tRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.18 グルタミンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.19 アルギニンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.20 フェニルアラニンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.21 ヒスチジンtRNAリガーゼ


  • EC.6.1.1.22 アスパラギンtRNAリガーゼ


  • EC 6.1.1.23 アスパラギン酸tRNAAsnリガーゼ


  • EC 6.1.1.24 グルタミン酸tRNAGlnリガーゼ


  • EC 6.1.1.25 リシンtRNAPylリガーゼ



EC 6.1.2 (酸-アルコールリガーゼ(エステルシンターゼ))



  • EC 6.1.2.1 D-アラニン-(R)-乳酸リガーゼ


EC.6.2.-(炭素-硫黄結合を形成するもの)



EC.6.2.1.-(酸-チオールリガーゼ)




  • EC.6.2.1.1 アセチルCoAシンテターゼ


  • EC 6.2.1.2 酪酸—CoAリガーゼ


  • EC.6.2.1.3 アシルCoAシンテターゼ


  • EC.6.2.1.4 スクニシルCoAシンテターゼ


  • EC 6.2.1.5 コハク酸CoAリガーゼ (ADP生成)


  • EC 6.2.1.6 グルタル酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.7 コール酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.8 シュウ酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.9 マレイン酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.10 アシル酸CoAリガーゼ (GDP形成)


  • EC 6.2.1.11 ビオチンCoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.12 4-クマル酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.13 酢酸CoAリガーゼ (ADP生成)


  • EC 6.2.1.14 6-カルボキシヘキサン酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.15 アラキドン酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.16 アセト酢酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.17 プロピオン酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.18 クエン酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.19 長鎖脂肪酸—ルシフェリン成分リガーゼ


  • EC 6.2.1.20 長鎖脂肪酸—アシル輸送タンパク質リガーゼ

  • EC 6.2.1.21 欠番 → EC.6.2.1.30


  • EC 6.2.1.22 クエン酸 (pro-3S)-リシンリガーゼ


  • EC 6.2.1.23 ジカルボン酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.24 フィタン酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.25 安息香酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.26 o-スクシニル安息香酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.27 4-ヒドロキシ安息香酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.28 3α,7α-ジヒドロキシ-5β-コレスタン酸CoAリガーゼ

  • EC.6.2.1.29 欠番 → EC.6.2.1.7


  • EC 6.2.1.30 フェニル酢酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.31 2-フロ酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.32 アントラニル酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.33 4-クロロ安息香酸CoAリガーゼ


  • EC 6.2.1.34 trans-フェルロイルCoAシンターゼ



EC.6.3.-(炭素-窒素結合を形成するもの)



EC.6.3.1.-(酸-アンモニア(またはアミン)リガーゼ(アミドシンターゼ))




  • EC.6.3.1.1 アスパラギンシンテターゼ(アスパラギン酸アンモニアリガーゼ)


  • EC.6.3.1.2 グルタミンシンテターゼ(グルタミン酸アンモニアリガーゼ)

  • EC.6.3.1.3 欠番 → EC.6.3.4.13


  • EC 6.3.1.4 アスパラギン酸-アンモニアリガーゼ (ADP生成)


  • EC 6.3.1.5 NAD+合成酵素


  • EC 6.3.1.6 グルタミン酸—エチルアミンリガーゼ


  • EC 6.3.1.7 4-メチレングルタミン酸—アンモニアリガーゼ


  • EC 6.3.1.8 グルタチオニルスペルミジン合成酵素


  • EC 6.3.1.9 トリパノチオン合成酵素


  • EC 6.3.1.10 アデノシルコバラミンリン酸合成酵素


  • EC 6.3.1.11 グルタミン酸—プトレシンリガーゼ


  • EC 6.3.1.12 D-アスパラギン酸リガーゼ



EC.6.3.2.-(酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチドシンターゼ))




  • EC 6.3.2.1 パントテン酸—β-アラニンリガーゼ


  • EC 6.3.2.2 グルタミン酸—システインリガーゼ


  • EC 6.3.2.3 グルタチオン合成酵素


  • EC 6.3.2.4 D-アラニン—D-アラニンリガーゼ


  • EC.6.3.2.5 ホスホパントテノイルシステインシンテターゼ


  • EC 6.3.2.6 ホスホリボシルアミノイミダゾールコハク酸アミド合成酵素


  • EC 6.3.2.7 UDP-N-アセチルムラミン酸-L-アラニン-D-グルタミン酸—L-リジンリガーゼ


  • EC 6.3.2.8 UDP-N-アセチルムラミン酸—L-アラニンリガーゼ


  • EC 6.3.2.9 UDP-N-アセチルムラミン酸アラニン—D-グルタミン酸リガーゼ


  • EC 6.3.2.10 UDP-N-アセチルムラミン酸アラニン-トリペプチド—D-アラニン-D-アラニンリガーゼ


  • EC 6.3.2.11 カルノシン合成酵素


  • EC 6.3.2.12 ジヒドロ葉酸合成酵素


  • EC 6.3.2.13 UDP-N-アセチルムラミン酸アラニン-D-グルタミン酸—2,6-ジアミノピメリン酸リガーゼ


  • EC 6.3.2.14 2,3-ジヒドロキシ安息香酸—セリンリガーゼ

  • EC.6.3.2.15 欠番 → EC.6.3.2.10


  • EC 6.3.2.16 D-アラニン—アラニン-ポリグリセロリン酸リガーゼ


  • EC 6.3.2.17 テトラヒドロ葉酸合成酵素


  • EC 6.3.2.18 γ-クルタミンヒスタミン合成酵素


  • EC 6.3.2.19 ユビキチンタンパク質リガーゼ


  • EC 6.3.2.20 インドール酢酸—リジン合成酵素


  • EC 6.3.2.21 ユビキチン—カルモジュリンリガーゼ


  • EC 6.3.2.22 ジフチン—アンモニアリガーゼ


  • EC 6.3.2.23 ホモグルタチオン合成酵素


  • EC 6.3.2.24 チロシンアルギニンリガーゼ


  • EC 6.3.2.25 チューブリン—チロシンリガーゼ


  • EC 6.3.2.26 N-(5-アミノ-5-カルボキシペンタン酸)-L-システイン-D-バリン合成酵素


  • EC 6.3.2.27 アエロバクチン合成酵素


  • EC 6.3.2.28 L-アミノ酸αリガーゼ



EC.6.3.3.-(シクロリガーゼ)




  • EC 6.3.3.1 ホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシクロリガーゼ


  • EC 6.3.3.2 5-ホルミルテトラヒドロ葉酸シクロリガーゼ


  • EC 6.3.3.3 デチオビオチン合成酵素


  • EC 6.3.3.4 カルボキシエチルアルギニンβ-ラクタム合成酵素



EC.6.3.4.-(その他の炭素-窒素リガーゼ)



  • EC 6.3.4.1 欠番 → EC 6.3.5.2に統合


  • EC 6.3.4.2 CTP合成酵素


  • EC 6.3.4.3 ギ酸—テトラヒドロ葉酸リガーゼ


  • EC 6.3.4.4 アデノシンコハク酸合成酵素


  • EC.6.3.4.5 アルギノコハク酸シンターゼ


  • EC 6.3.4.6 尿素カルボキシラーゼ


  • EC 6.3.4.7 リボース-5-リン酸—アンモニアリガーゼ


  • EC 6.3.4.8 イミダゾ酢酸—ホスホリボシル二リン酸リガーゼ


  • EC 6.3.4.9 ビオチン—メチルマロン酸CoA-炭酸転位酵素 リガーゼ


  • EC 6.3.4.10 ビオチン—プロピオン酸CoA-カルボキシラーゼ リガーゼ (ATP-加水分解)


  • EC 6.3.4.11 ビオチン—メチルクロトン酸CoAカルボキシラーゼ リガーゼ


  • EC 6.3.4.12 グルタミン酸—メチルアミンリガーゼ


  • EC 6.3.4.13 ホスホリボシルアミン—グリシンリガーゼ


  • EC 6.3.4.14 ビオチンカルボキシラーゼ


  • EC 6.3.4.15 ビオチン—アセチルCoAカルボキシラーゼ リガーゼ


  • EC.6.3.4.16 カルバモイルリン酸シンターゼ


  • EC 6.3.4.17 ギ酸—ジヒドロ葉酸リガーゼ


  • EC 6.3.4.18 5-(カルボキシアミノ)イミダゾールリボヌクレオチド合成酵素



EC.6.3.5.-(グルタミンがアミド-N-供与体となる炭素-窒素リガーゼ)




  • EC.6.3.5.1 NADシンテターゼ


  • EC 6.3.5.2 GMPシンターゼ (グルタミン加水分解)


  • EC 6.3.5.3 ホスホリボシルホルミルグリシンアミジン合成酵素


  • EC 6.3.5.4 アスパラギン合成酵素 (グルタミン加水分解)


  • EC 6.3.5.5 カルバミン酸リン酸合成酵素 (グルタミン加水分解)


  • EC 6.3.5.6 アスパラギン酸tRNA合成酵素 (グルタミン加水分解)


  • EC 6.3.5.7 グルタミン酸tRNA合成酵素 (グルタミン加水分解)

  • EC 6.3.5.8 欠番→EC 2.6.1.85


  • EC 6.3.5.9 ヒドロゲノビリニック酸-a,c-ジアミドシンターゼ(グルタミン加水分解)


  • EC 6.3.5.10 アデノシンコブリック酸合成酵素 (グルタミン加水分解)



EC.6.4.-(炭素-炭素結合を形成するもの)




  • EC 6.4.1.1 ピルビン酸カルボキシラーゼ


  • EC 6.4.1.2 アセチルCoAカルボキシラーゼ


  • EC 6.4.1.3 プロピオニルCoAカルボキシラーゼ


  • EC 6.4.1.4 メチルクロトン酸CoAカルボキシラーゼ


  • EC 6.4.1.5 ゲラノイルCoAカルボキシラーゼ


  • EC 6.4.1.6 アセトンカルボキシラーゼ


  • EC 6.4.1.7 2-オキソグルタル酸カルボキシラーゼ



EC.6.5.-(リン酸エステル結合を形成するもの)




  • EC.6.5.1.1 DNAリガーゼ


  • EC.6.5.1.2 DNAリガーゼ


  • EC.6.5.1.3 RNAリガーゼ


  • EC 6.5.1.4 RNA-3'-リン酸シクラーゼ



EC.6.6.-(窒素-金属結合を形成するもの)



EC 6.6.1 (錯体を形成するもの)




  • EC 6.6.1.1 マグネシウムキラターゼ


  • EC 6.6.1.2 コバルトキラターゼ



出典




  1. ^ リガーゼ、『世界大百科事典』CD-ROM版、平凡社、1998年


  2. ^ リガーゼ、『理化学辞典』、第5版、岩波書店

  3. ^ abcd文部科学省監修学術用語集の「学術語の訳字通則」に従うとリアーゼ、シンテターゼ、シンターゼが正式となる。投稿雑誌によっては英語読みのカタカナ表記であるライエース、シンセテース、シンセースは推奨されない場合がある


  4. ^ 合成酵素、『理化学辞典』、第5版、岩波書店


  5. ^ シンテターゼ、『理化学辞典』、第5版、岩波書店


  6. ^ 酵素命名法(英語)



関連項目



  • 酵素

  • EC番号





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