loop to traverse subdirectories and execute a perl script into each subdirectory












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I have a parent directory with multiples subdirectories like this



Parent_directory

    subdirectory_1

        perlscript.pl 

        file.fasta

    subdirectory_2

        perlscript.pl 

        file_2.fasta


And I would like to run the perl scipt in each subdirectory. I'm trying with the next command 



find . -type d | while read d; do perl hoz-3-v1c.pl $d/* ; done


but the output is directed to the parent directory and I want the output in each subdirectory






shell







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  • Possible duplicate of How to use `find -exec` to execute command in directory of found file (not current directory)?

    – roaima
    2 hours ago











  • find /path/to/Parent_directory -type f -name '*.pl' -execdir perl ./"{}" . ;?

    – DopeGhoti
    2 hours ago


















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I have a parent directory with multiples subdirectories like this



Parent_directory

    subdirectory_1

        perlscript.pl 

        file.fasta

    subdirectory_2

        perlscript.pl 

        file_2.fasta


And I would like to run the perl scipt in each subdirectory. I'm trying with the next command 



find . -type d | while read d; do perl hoz-3-v1c.pl $d/* ; done


but the output is directed to the parent directory and I want the output in each subdirectory






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  • Possible duplicate of How to use `find -exec` to execute command in directory of found file (not current directory)?

    – roaima
    2 hours ago











  • find /path/to/Parent_directory -type f -name '*.pl' -execdir perl ./"{}" . ;?

    – DopeGhoti
    2 hours ago
















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I have a parent directory with multiples subdirectories like this



Parent_directory

    subdirectory_1

        perlscript.pl 

        file.fasta

    subdirectory_2

        perlscript.pl 

        file_2.fasta


And I would like to run the perl scipt in each subdirectory. I'm trying with the next command 



find . -type d | while read d; do perl hoz-3-v1c.pl $d/* ; done


but the output is directed to the parent directory and I want the output in each subdirectory






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I have a parent directory with multiples subdirectories like this



Parent_directory

    subdirectory_1

        perlscript.pl 

        file.fasta

    subdirectory_2

        perlscript.pl 

        file_2.fasta


And I would like to run the perl scipt in each subdirectory. I'm trying with the next command 



find . -type d | while read d; do perl hoz-3-v1c.pl $d/* ; done


but the output is directed to the parent directory and I want the output in each subdirectory






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edited 22 mins ago









mosvy

7,6421530




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asked 2 hours ago









erick rodriguezerick rodriguez

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  • Possible duplicate of How to use `find -exec` to execute command in directory of found file (not current directory)?

    – roaima
    2 hours ago











  • find /path/to/Parent_directory -type f -name '*.pl' -execdir perl ./"{}" . ;?

    – DopeGhoti
    2 hours ago





















  • Possible duplicate of How to use `find -exec` to execute command in directory of found file (not current directory)?

    – roaima
    2 hours ago











  • find /path/to/Parent_directory -type f -name '*.pl' -execdir perl ./"{}" . ;?

    – DopeGhoti
    2 hours ago



















Possible duplicate of How to use `find -exec` to execute command in directory of found file (not current directory)?

– roaima
2 hours ago





Possible duplicate of How to use `find -exec` to execute command in directory of found file (not current directory)?

– roaima
2 hours ago













find /path/to/Parent_directory -type f -name '*.pl' -execdir perl ./"{}" . ;?

– DopeGhoti
2 hours ago







find /path/to/Parent_directory -type f -name '*.pl' -execdir perl ./"{}" . ;?

– DopeGhoti
2 hours ago












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It looks like you don't have to bother with find at all in this instance.



for dirpath in Parent_directory/*/; do

    ( cd "$dirpath" && perl perlscript.pl *.fasta )

done


This assumes that the Perl script is always called perlscript.pl (as in your example directory layout) and that correct way to run your Perl script is



perl perlscript.pl *.fasta


In the loop above, the parentheses creates a subshell. This prevents the cd from affecting the rest of the script and we don't have to cd back out of the directory after running the Perl script.



The loop will iterate over all subdirectories of Parent_directory and execute the given commands for each.






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    StackExchange.ready(function() {
    var channelOptions = {
    tags: "".split(" "),
    id: "106"
    };
    initTagRenderer("".split(" "), "".split(" "), channelOptions);

    StackExchange.using("externalEditor", function() {
    // Have to fire editor after snippets, if snippets enabled
    if (StackExchange.settings.snippets.snippetsEnabled) {
    StackExchange.using("snippets", function() {
    createEditor();
    });
    }
    else {
    createEditor();
    }
    });

    function createEditor() {
    StackExchange.prepareEditor({
    heartbeatType: 'answer',
    autoActivateHeartbeat: false,
    convertImagesToLinks: false,
    noModals: true,
    showLowRepImageUploadWarning: true,
    reputationToPostImages: null,
    bindNavPrevention: true,
    postfix: "",
    imageUploader: {
    brandingHtml: "Powered by u003ca class="icon-imgur-white" href="https://imgur.com/"u003eu003c/au003e",
    contentPolicyHtml: "User contributions licensed under u003ca href="https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/"u003ecc by-sa 3.0 with attribution requiredu003c/au003e u003ca href="https://stackoverflow.com/legal/content-policy"u003e(content policy)u003c/au003e",
    allowUrls: true
    },
    onDemand: true,
    discardSelector: ".discard-answer"
    ,immediatelyShowMarkdownHelp:true
    });


    }
    });














    draft saved

    draft discarded


















    StackExchange.ready(
    function () {
    StackExchange.openid.initPostLogin('.new-post-login', 'https%3a%2f%2funix.stackexchange.com%2fquestions%2f501970%2floop-to-traverse-subdirectories-and-execute-a-perl-script-into-each-subdirectory%23new-answer', 'question_page');
    }
    );

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    It looks like you don't have to bother with find at all in this instance.



    for dirpath in Parent_directory/*/; do
    
    ( cd "$dirpath" && perl perlscript.pl *.fasta )
    
done


    This assumes that the Perl script is always called perlscript.pl (as in your example directory layout) and that correct way to run your Perl script is



    perl perlscript.pl *.fasta


    In the loop above, the parentheses creates a subshell. This prevents the cd from affecting the rest of the script and we don't have to cd back out of the directory after running the Perl script.



    The loop will iterate over all subdirectories of Parent_directory and execute the given commands for each.






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      It looks like you don't have to bother with find at all in this instance.



      for dirpath in Parent_directory/*/; do
      
    ( cd "$dirpath" && perl perlscript.pl *.fasta )
      
done


      This assumes that the Perl script is always called perlscript.pl (as in your example directory layout) and that correct way to run your Perl script is



      perl perlscript.pl *.fasta


      In the loop above, the parentheses creates a subshell. This prevents the cd from affecting the rest of the script and we don't have to cd back out of the directory after running the Perl script.



      The loop will iterate over all subdirectories of Parent_directory and execute the given commands for each.






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        It looks like you don't have to bother with find at all in this instance.



        for dirpath in Parent_directory/*/; do
        
    ( cd "$dirpath" && perl perlscript.pl *.fasta )
        
done


        This assumes that the Perl script is always called perlscript.pl (as in your example directory layout) and that correct way to run your Perl script is



        perl perlscript.pl *.fasta


        In the loop above, the parentheses creates a subshell. This prevents the cd from affecting the rest of the script and we don't have to cd back out of the directory after running the Perl script.



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        for dirpath in Parent_directory/*/; do
        
    ( cd "$dirpath" && perl perlscript.pl *.fasta )
        
done


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        KusalanandaKusalananda

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            To learn more, see our tips on writing great answers.




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            draft discarded














            StackExchange.ready(
            function () {
            StackExchange.openid.initPostLogin('.new-post-login', 'https%3a%2f%2funix.stackexchange.com%2fquestions%2f501970%2floop-to-traverse-subdirectories-and-execute-a-perl-script-into-each-subdirectory%23new-answer', 'question_page');
            }
            );

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            Required, but never shown

































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